A avaliação é feita por meio da aplicação, a cada dois anos, de testes de Língua Portuguesa e Matemática para alunos do 5º e 9º anos do Ensino Fundamental e da 3ª e 4ª séries do Ensino Médio, de forma censitária para as escolas públicas e amostral para as escolas privadas. Também há a realização de testes amostrais de Ciências da Natureza e Ciências Humanas para estudantes do 5º e 9º anos do Fundamental e de Língua Portuguesa e Matemática para alunos do 2º ano do Fundamental.
Além dos testes, o Saeb aplica questionários para coletar informações sobre fatores que podem influenciar o desempenho dos alunos, como as condições de trabalho dos professores e o ambiente escolar. Os resultados dão um panorama da Educação brasileira e fornecem dados para produzir indicadores educacionais e subsidiar a criação, o acompanhamento e o aprimoramento de políticas públicas.
Em 2025, o Saeb será realizado entre os dias 20 e 31 de outubro. A proximidade da data costuma gerar certa apreensão ou mesmo alterar a rotina das escolas, já que os professores dedicam parte do tempo para preparar as turmas para as provas. Para que essa pressão não impacte o andamento das aulas, o trabalho com os outros conteúdos e componentes e o desenvolvimento de novas habilidades e competências, são necessárias estratégias que alinhem a revisão ao planejamento pedagógico, interagindo com outras propostas curriculares e considerando o contexto da sala de aula.